于是依计而行，下诏宣布冯保有十二大罪，欺君蠧国，本应叛处极刑，姑念尚有微功，从宽发往南京闲住。这位大伴从此终身被软禁于南京孝陵，死后也葬在孝陵附近。他的财产全部被没收。因为从法律观念上来说，皇帝拥有天下的一切，私人之所以得以拥有财产，这是出于皇帝的恩典和赏赐。皇家的恩典在冯保身上一经撤去，抄家即为应有的文章，无须多作解释。没收所得的财产，虽然不能像别人所说的那样骇人听闻，但也极为可观。万历皇帝对此既喜且怒：当时皇弟潞王成婚在即，这批珠玉珍异正好用得其所；而一个宦官居然拥有如许家财，可见天子的大权旁落到了什么程度
依此类推，还应该没收张居正的财产，因为他比冯保罪恶更大而且更富。但是万历一时下不了这个决心。一提到张居正，各种复杂的记忆就会在他的心头涌集。所以，在冯保被摈斥后，有一位御史继续上本参奏张居正十四大罪，皇帝用未批回答说，张居正蔽主殃民，殊负恩眷，但是“侍朕冲龄，有十年铺理之功，今已殁，姑贷不究，以全始终”。
然而在两年之后，即4年，万历就改变态度而籍没了张居正的家。这一改变的因素可能有二。其一为郑氏的作用，其二为慈圣太后的干预。郑氏在4年又进为贵妃，这几年间已经成为皇帝生活中的重心。在朝臣的心目中，她不是一个安分守己的妇女，万历的种种重大措施，很难说她未曾与闻，因为对皇帝，在当时没有人比她有更大的影响。也许正是在她的影响之下，皇帝的心肠才陡然变硬。至于慈圣太后家族和张居正之间的嫌隙，已如上文所述。张居正在世之日，武清伯自己曾被申饬，受到监视，对自己的言行不得不十分谨慎检点。等到张居正一死，情况就急转直下。三个月之后，武清伯被提升为武清侯，整个朝廷的倾向，由于对张居正的怨毒而转到了对他有利的方面。他如何利用这种有利的形势而向慈圣示意，这同样也非外人能获悉。
在上述两个因素之外，高拱遗著的出现，在彻底解决张居正问题中起了重要的作用。高拱生前，曾经暗中和李伟结纳，希望通过李伟向皇室婉转陈辞，说明加在他身上的罪状属于“莫须有”，全系张、冯两人所构陷。当时李伟自身难保，高拱这一愿望因此无由实现。现在张居正已经死后倒台，但皇帝还没有下绝情辣手，这时高拱的遗著病榻遗言就及时地刊刻问世。书中历数张、冯的罪恶而为自己洗刷，主要有两大问题。
第一，高拱坚持他在隆庆皇帝驾崩以前就已看出了冯保的不端并决意把他摈斥。冯保一贯卖官鬻爵，但最为不可忍受的是，当1572年皇太子接见百官时，他竟利用扶持之便，站在宝座旁边不肯退走。百官向皇太子叩头行礼，也等于向阉人冯保叩头行礼。这种做法充分暴露了他的狼子野心。书中接着说，当著者摈斥冯保的行动尚未具体化之前，冯保抢先下了毒手，和张居正同谋，骗得了皇太后的懿旨，把自己逐出朝廷。著者承认，他当时确实说过皇上只有9岁，但并没有任何不敬的话，而只是说新皇帝年轻，怕为宦官所误，有如正德皇帝14岁登极后的情况一样。张、冯二人却把他的话故意歪曲，以作为诬陷的根据。
第二，即所谓王大臣的案件。1573年阳历2月20日，也就是万历登极、高拱被逐以后半年，当日清晨有一个人乔装宦官在宫门前为卫士拘留。经讯问，此人供称名王大臣，以前在别人家里充当仆役，现在没有雇主。这种闲杂分子在禁卫森严的宫门口出现而被拘留询问，过去也不止一起地发生过，但这个王大臣究竟目的何在，则始终没有弄清楚。
病榻遗言的作者高拱，坚决声称王大臣来自总兵戚继光的麾下。戚继光当时正在张居正的提拔下飞黄腾达，要是这个莫名其妙的王大臣果如高拱所说，岂不要招来极大的麻烦经过一番策划，冯保等人定下了反守为攻之计，决定借用王大臣作为把高拱置于死地的工具。于是冯保就将两把精致的短剑放在王大臣衣服内，要他招认是受高拱派遣，前来谋害当今皇帝。如果王大臣的口供得以成立，他可以无罪并得到一大笔报酬。张居正则运动鞫讯此案的文官，要他们迅速结案，以便处死高拱灭口。
冯、张的计划没有实现。负责审讯的文官不愿参与这项阴谋。王大臣也觉悟到如果供认谋刺皇帝，下场决不能美妙到不仅无罪，而且领赏，于是在东厂主持的初步审讯中翻供，暴露了冯保的教唆和陷害。这时冯保陷入困境，乃以毒药放在酒内，逼令王大臣喝下去，破坏了他的声带。两天之后公开鞫问，由于犯人已经不能言语，无法查出真正的结果。王大臣仍然被判死刑，立时处决，以免牵累这项阴谋的参与者。
皇帝听到这一故事，距离发生的时候已有10年。他虽不能判断这一切是否全系真实情况，但至少也不会毫无根据。因为他还模糊地记得，10年以前，宦官告诉他有坏人闯进宫内，而且张先生叮嘱皇帝要谨慎地防备这种图谋不轨的报告，还仍在文书档案之内。他满腹狐疑，立即命令有关官员把审讯王大臣的档案送御前查阅。查阅并无结果。因为审讯记录上只写着王大臣胁下藏有短剑两把，别无详情，此案的结果则是王大臣经过审讯后在1573年阳历3月25日处决。这一重案竟如此不了了之，使已经成年的皇帝大为不满。他一度下旨派员彻底追查全案，后来由大学士申时行的劝告而中止。申时行说，事情已经过去10年，除了冯保以外，所有与本案有关的重要人物都已去世，如果再作清查，不仅水落石出的可能性甚少，于事无补，反而会有不少人无端被牵连，引起不安。
高拱在生前就以权术闻名于朝官之间。这一病榻遗言是否出自他的手笔还大可研究。即使确系他的手笔或系他的口述，其中情节的真实性也难于判断。但当日确有许多人坚信书中所述真实不虚，许多证据十分可靠。遗憾的是此书问世之时，差不多所有能够成为见证的人都已离开了尘世。
此书内容的可靠程度可以另作别论，但至少，它的出版在朝野都产生了极大的影响，成为最后处理张居正一案的强烈催化剂。在这以后，在万历皇帝对张先生回忆之中，连勉强保留下来的一部分敬爱也化为乌有。他发现，他和他的母后曾误信张居正的所作所为是出于保障皇位的忠诚，而现在看来，张居正不过是出于卑鄙的动机而卖友求荣，他纯粹是一个玩弄阴谋与权术的人。
更加严重的问题还在继续被揭发。有一种说法是张居正生前竟有谋反篡位的野心，总兵戚继光的精锐部队是政变的后盾。持这种说法的人举出两件事实作为根据。其一，一次应天府乡试，试官所出的题目竟是“舜亦以命禹”，就是说皇位属于有德者，应当像舜、禹之间那样，实行禅让。这样居心险恶的题目，对张居正为劝进，对天下为舆论的准备。其二，张居正经常处于佞幸者的包围之中，他们奉承张居正有人主之风，而张居正竟敢含笑不语。对于前者，即使真像旁人所说，过错也并不能直接归于张居正；对于后者，不妨目之为骄奢僭罔，这些都还可以容忍。最使万历感到不可饶恕的是张居正对别人奉承他为当今的伊尹居然安之若素。伊尹是商代的贤相，辅佐成汤取得天下。成汤去世，又辅佐他的孙子太甲。太甲无道，伊尹就废之而自代。经过三年，直到太甲悔过，伊尹才允许他继续做商朝的君主。由于十年来的朝夕相处，万历对张居正毕竟有所了解，他并不相信张居正具有谋逆篡位的野心，然而张居正以师尊和元辅的身分经常对皇帝施加压力，难道不正是当年伊尹的翻版吗张居正成了伊尹，皇帝自己又岂非无道的太甲